1982 és 1993 között Romhánnyal egyesítették, de 1994. január 1. óta ismét önálló település.

A falu a középkortól kezdve folyamatosan lakott, a tatárjárás idején a Kartal nemzetség birtokolta, később Kétbodony a Bodoni család birtoka lett. 1264-1276 között a Margit-szigeti (akkor Nyulak szigete) apácák is birtokolták, később ismét a Bodoni családhoz került. 1516-1541 között Werbőczi István volt a birtokosa. Két ízben, összesen 113 évig török hódoltság alá tartozott, ekkor el is néptelenedett.

Mindkét alkalommal a Felvidékről, evangélikus szlovákokkal telepítették újra. 1710-ben a falu határában zajlott le a romhányi csata. A XVII. században Bodony falu közelében kialakult kis települést Felső-Bodonynak nevezték, maga Bodony pedig Alsó-Bodony lett. Kétbodony e két falu egyesítéséből jött létre 1902-1903-ban.