A XI. században feltehetően a Szolnok nemzetség birtoka volt. A nemzetség ez ágának a XII. században való elszegényedésével, gyengülésével hozható kapcsolatba, hogy a század közepe táján e terület már a Kökényes-Radnót nemzetség birtokába került. A falu neve és a XII. század utolsó negyedében alapított premontrei prépostság arra enged következtetni, hogy e helyen alakult ki a nemzetség központja. A tatárjárás idején a falu és a prépostság is súlyos károkat szenvedhetett, amelyre a templom középkori maradványai alapján következtethetünk. A nemzetségnek nógrádi ága a XIV. század elején kihalt, s Kökényes és az ahhoz tartozó birtokok 1315-ben a Kacsics-nembeli Simonra szálltak. A prépostság kegyurai ettől kezdődően a Kacsics-nembeli birtokosok. 1332-ben Briccius a kökényesi prépost. A Kökényes nemzetség kihaltával az útvonalak kereszteződésében települt falu s az itt alapított prépostság is hanyatlásnak indult. Kökényes a Kacsicsok Salgai ágának kezéről 1413-ban a Gömör megyei Derencsényiek birtokába került. 1428-ban Kwekenyesmonastora néven említik. 1493-ban a Szobi család is birtokos itt. A XVI. század elején a Derencsényiek már csak részbirtokosok Kökényesen, kisbirtokos nemesek mellett.

A török hódoltság kezdete táján a falu és a prépostsági épületek jelentős károkat szenvedhettek. A szerzetesek már korábban elhagyták a prépostságot. Hatvannal együtt Kökényes is hamar hódoltsági terület terület lett (1544). A hódoltság megszűnte után a Podmaniczky és az Orczy családok birtokába került Kökényes. Az 1697-ben készült canonica visitatio szerint korábban a falu a vérségi plébániához tartozott. „Versegh erat antea cum Kökényes distincta parochia." 1714-ben újjászervezték a vérségi plébániát, s Kökényes fíliája lett. Ez a kapcsolat 1854-ig tartott. Önálló plébániává való alakulása óta vezetik az anyakönyvet. 1713. febr. 18-án a Kende nemzetség tagjai megállapodtak abban a fiú- és leányágat illető javak elosztása során, hogy „Az Kökényesi Régi Udvarház mind a hat részre osztodgyék, vagy pedig közönségesen curaltassék s epetessék, szabados jussa leven mindenik Atyafinak le meneteliben az házhoz szállani".
A községhez tartozott Alsó- és Felsőpatkányos, Kis- és Nagytamota, Ürgéspuszta, Tetszlak és Albertmajor. Lélekszáma: 1912-ben 797 fő és 1970-ben 830 fő.