Kisecset nevét 1493-ban említette először oklevél Echet néven. 1493-ban Báthori István országbíró a váci káptalannak írt parancsában Legendi Bertalant iktattatta be az itteni Echet nevű birtokba, mely előtte néhai Romhányi György fiainak, Pálnak és Györgynek birtoka volt.1559-ben, a török időkben végzett összeíráskor Ecsed néven írták, ekkor már viszonylag népes település, melynek éves jövedelme 1823 akcse, birtokosa pedig Gazenfer nevű tímár volt. 1598-ban Bornemisza György birtokának írták.

1715-ben, a törökök kiűzése után mint néptelen települést jegyezték fel. 1755-ben Kisecset néven írták, ekkor Telek Tamás birtoka volt. 1770-ben a Prónayak valamint a Kórody és Telek családok voltak a település birtokosai. A 19. században a gróf Buttler család is birtokos volt Kisecseten. A 20. század elején Kisecset Nógrád vármegye Nógrádi járásához tartozott.

1910-ben 259 magyar lakosa volt, melyből 241 római katolikus, 11 evangélikus, 7 izraelita.