A hajó közepén áll a Fájdalmas Szűz oltára, vele szemben a Szent József-oltár. Mindekettőt 1751-ben Ausztriából hozták, a korai barokk stílus szép alkotásai. Vadszőlőindás keretüket Spiegel Márton faragta. A szobrok - Szent János, Mária Magdolna, Szent Rókus és Szent Sebestyén alakja - ismeretlen füleki művész alkotásai.

2005-2007: A Szász Ferences Rendtartomány (Németország) a münsteri ferences templom orgonáját, melyet  Franz Breil orgonaépítő (alapítva 1836, Dorstein) egy régebbi hangszert is felhasználva készített 1982-ben a Magyar Ferences Rendtartomány szécsényi kolostortemplomának ajándékozta. A hangszert 2006-ban szétszerelték és Szécsénybe szállították, majd a Váradi és Fia (alapítva 1926, Budapest) cég 2007-ben építette be régi orgonaszekrénybe. A hangszert 2007. november 25-én Dr. Beer Miklós váci megyéspüspök szentelte fel.

1921: megvették és a régi helyére beépítették Bárczi István budapesti főpolgármester Rieger [Opus 1491] házi orgonáját, amit február 23-án szentelt fel Zadravecz István püspök.

1763: Elkészült a 12 változatú egy manuálos + pedálos orgona. A mindmáig látható szekrényt Fr. Spiegel Márton OFM faragta, Auguszt József márványozta és aranyozta. "Először a tisztelendő Szeredi Jakab atya keze és lába alatt szólalt meg augusztus 6-án, a kolostor és a templom névünnepén, amikor az ünnepi szentmisét tisztelendő Büki Vince aktuális definitor énekelte."

1880: A pesti Leopold Steinreich a teljesen tönkrement orgonát alapjaitól kezdve felújította. A költségek nagy részét Haynald Lajos bíboros, kalocsai érsek fedezte.

Az áldoztatórács mellett található a két faragott stallum, a szerzetesek zsolozsmázó helye, melyet 1744-ben Oszler Liborius asztalos testvér készített. A táblaképeken, melyeket Gergely Ferenc festett egy régi könyv rézmetszetei alapján, szent remeték, köztük Salamon király képe látható. A könyvtartó állvány, pszaltériumtartó 1771-ben készült.

A második világháború után többször is javították és modernizálták (a Váradi és Fia, a Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra és Cseh István.) 

Nem sokkal később "Az orgonát a jolsvai Mundi János tisztította meg..."

A másik oldalon Szent Antal oltára áll, melyet 1732-ben Balassa Pál és felesége, Batthyány Júlia készíttetett. Az oltár közepén áll a két család címere: ökörfej illetve oroszlán és pelikán. Az angyali üdvözlet szoborcsoport és a szőlőfürtös csavart oszlopok díszítik az oltárt.

1499: feltételezhetjük orgona meglétét a templomban.

A kóruson található orgonaszekrény, melyet szintén Spiegel Márton faragott, 1763-ban készült barokk alkotás. Az orgonaszekrény tetején a hárfázó Dávid király és angyalok szobrai láthatók.

A szécsényi ferences templom orgonáinak története

A templomhajó

A boltozaton lévő freskók, melyek az 1976-os felújítás során készültek a korábbi barokk mintázatú festés helyett, Takács István munkái. A diadalív közepén a templom titulusa, a színeváltozás eseménye, balra magyar szentek - Szent Imre herceg, Szent István király és Boldog Gizella, Szent László király, Árpád-házi Szent Erzsébet, Szent Adalbert és Szent Gellért püspök, Szent Margit, - jobbra ferences szentek - Szent Ferenc, Szent Antal, Szent Bonaventúra, Kapisztrán Szent János, Szent Lajos püspök, Szent Dániel vértanú, Szent Klára - láthatók. A három mennyezeti képen a karácsony, a húsvét és pünkösd eseményei jelennek meg.

Az északi oldalajtó mellett Bede József, egykori házfőnök emléktáblája található, aki alázatosságában a küszöb alá temetkezett el.

A déli oldalon van a templomhajó és a szentély alatt fekvő kripta lejárata. A kripta nagy része le van falazva, a megmaradt és felújított területen urnás temetkezésre van lehetőség.

1760: Szerződést kötöttek Podkoniczky Márton besztercebányai orgonaépítővel, egy új hangszer építésére.

A jelenlegi, vidéki viszonylatban nagyméretű, négyszakaszos templomhajó a szentélynél későbbi építésű - a török korban tönkrement hajó 1688-ban tető nélkül, beszakadt boltozattal állt. Bár 1696-ban megújították, 1715-ben újra leégett. A falakat ekkor elbontották, és nyugat felé megnagyobbítva újakat húztak fel. A főbejárat ekkor került a nyugati homlokzatra.

A gótikus ablakok mérművei idővel elpusztultak, nyomuk a befalazott ablakokon kívülről megfigyelhetők. A többi ablakot a XVII. századi újjáépítéskor harmadmagasságúra csökkentették. A színes üvegablakok alatt a szentély külső falán található a Szécsényt a töröktől 1683-ban felszabadító lengyel király, Sobieski János 1933-ban felállított emléktáblája.

Kérjük a tisztelt látogatókat, hogy a hely szelleméhez méltó öltözékben jelenjenek meg (nők és férfiak egyaránt fedett vállal, térd alatt érő öltözetben)!

A csúcsíves diadalív kváderkövei egykor festettek voltak. A déli oldalon Balassa Pál 1777-ből származó emléktáblája látható.

A szentély déli falán gótikus, eredetileg festett, hármas ülőfülke látható, mellette egy török mirháb, imafülke. Az északi falon faragott kövekből épített szentségtartó fülke, pasztofórium található.

Gondozott parkban, az egykori várkerület északnyugati végén áll az 1332-es pápai engedély alapján épített nagyméretű műemlék templom. Szentélyében a 14. század gótikus stílusjegyei láthatók. Legértékesebb része a sekrestye, amelynek szép csillagboltozatát egyetlen nyolcszögű figurális fejezetű pillér tartja. A jelenlegi barokk hajót 1696-ban építették hozzá. A kolostor 1694-1734 között épült boltozatos kerengővel és zárt díszudvarral. A templomból juthatunk fel a kolostor gótikus boltozatú emeleti szobájába, ahol Rákóczi fejedelem megszállt. 1989-ben a ferencesek újra birtokukba vették az épületet.

A 18. századi újjáépítés során orgona is készült, de nem tudjuk ki és mikor építette.

A szentély

A keletelt építésű szentély eredetileg lényegesen magasabb volt, az egykori gótikus boltozat bordaindításai a padlástérben figyelhetők meg. A háromszakaszos, csúcsíves boltozat a XVII. században beomlott, ezért az újjáépítéskor csehsüveges boltozattal látták el.

A főoltár 1738-ban, fából készült. Az oltárképen az emmauszi tanítványok és Jézus találkozása látható. Fent Szent Anna és Szűz Mária szobra áll, mellettük két angyal a Forgách család (kibomló hajú nő) és a Cziráky család (álló farkas kibontott zászlóval) címerét tartja. Mindkét család jelentős szerepet vállalt a település életében, gazdag földesúrként adományaikkal gyakran támogatták a templomot. Az oszlopok között Szent Katalin és Szent Borbála szobra áll. A tabernákulum Spiegel Márton ferences testvér faragása 1773-ból, vörösréz dombormű ajtaja Saffarik Ignác kovácsmester munkája a XX. század elejéről. A XVII. századi keresztelőkút vörösréz fedője szintén az ő munkája.

A templomhajóban barokk oltárok láthatók. A diadalív mellett baloldalon Szent Ferenc oltára áll, melyet 1775-ben készített Alter Antal pesti asztalosmester. Szent Bonaventúra és Toulouse-i Szent Lajos szobrát Hebenstreit József szobrászművész faragta.

1818: Egy bizonyos "pesti orgonaépítő" javította az orgonát.

A barokk szószéket 1741-ben Perényi Pál gróf készíttette. Oldalán a négy evangélista, a hangvetőn az angyaloktól övezett földgömb felett a Jópásztor szobra látható.