A feltárt leletek alapján megtudtuk, hogy a község mai területén egy őstelep volt. A bizonyítékok között vannak cserép-, csont-, szén-, és kődarabok, valamint pattintott kovapengék. Az ásatások során találtak egy bronzkori vékony bronztűt, amelyet a Nemzeti Múzeumban helyeztek el, emellett felfedeztek a területen kelta urnákat, római kori pénzérmét is. Van olyan nézet is a falu alapítását illetően, hogy a honfoglaló magyarokkal együtt érkező Volga vidéki (esetleg Kazár birodalomból származó) izmaeliták alapították.

A községet először 1286-ban említik írásban, a XIV. században pedig már önálló egyházzal rendelkező faluként írnak róla az 1332-37-es pápai tizedjegyzékben. Ezekben az iratokban Muhuraként, vagy Moharaként írják a település nevét. Ebben az időben Alsó-Mohora a Bak család tulajdonában volt. A XV. század elején Zsigmond királytól birtokrészt kapott Kovári Pál nádori ítélőmester, aki aztán a Vidfi család őseinek címerlevelet és birtokokat adott Felső-Mohorán. A törökök betörését követő évtizedekben Mohora többször is leégett, lakosai más vidékre menekültek. Buda ostromának idején a falu teljesen elpusztult, de a század végére elkezdett újra benépesülni.

A XVIII. század közepétől a Sréter család, az 1770-es évektől a Gáspár, Horváth, Havrothy, Majthényi, Tatay családoknak voltak jelentősebb birtokaik a faluban. A XIX. században a Beniczky család birtokában volt Mohora, akik részt vettek a a híres-hírhedt mohorai-gyarmati titkos „kolompár társaságban”, amelyben az úri virtus kipróbálása mellett reformkori politizálás folyt. A XIX. század híres „úrilakjai” közül Farkas Pál háza, a Mauks-kúria, a Rakovszky- és Tolnay-ház, a Schindler-lak és gróf Vay Gáborné várkastélyszerű udvarháza országos és térségi jelentőségű kultúrtörténeti emlékekkel, különleges műemléki értékeikkel váltak híressé.

A falu kulturális életében jelentős szerepet kapott a folklór hagyomány, népdalkincs, viseletgazdagság, amelyet Farkas Pál mohorai születésű tanár, költő örökített meg a XX. századi Borovszky-féle megyemonográfiában.

A századfordulóra híressé vált a mohorai bor és a község kőbányája, amely Aszódtól Balassagyarmatig biztosította az építőanyagokat. Ebben az időben gróf Vay Gáborné, (született Zichy Mária) földbirtokos gazdaságában 2275 hold földet műveltek. Homokbánya is működött a területen, és vasútvonal is érintette Mohorát, amely egészen az 1930-as évekig összekötötte a települést Kisbér-pusztával, ahol kőszénbányászat folyt.